自“十二五”初期我国产业化、规模化推进煤炭深加工工程示范以来，担忧和质疑之声一直不断，其主要观点可以归纳为以下几个方面：
一是扩大了高碳高污的煤炭消费。煤炭既不低碳也不环保。煤炭二氧化碳排放系数为2.66吨/吨标煤，是化石能源中最高的(石油和天然气分别为2.11和1.63吨/吨标煤)。煤炭燃烧也是二氧化硫、氮氧化物等大气污染物的主要来源。煤炭深加工会增加煤炭消费，不利于二氧化碳减排和生态环境保护目标的实现。
二是国际油气价格低且供大于求。2014年以来，国际油气价格大幅下降，市场供需形势宽松，煤炭深加工经济性变差，与炼油、石油化工相比不具有竞争力。神华、伊泰、大唐等企业的煤制油、煤制气项目在低油价下普遍陷入亏损局面。我国应尽可能多地从国际市场进口廉价油气资源，满足国内需求。
三是环境保护问题难以解决。煤炭深加工生产过程产生大量废水，成分复杂，处理难度高。部分项目废水处理达不到预期效果，甚至违法排放。我国的主要煤炭产地大多为生态环境脆弱、无纳污水体的地区，发展煤炭深加工带来的环境问题难以解决。
四是投资高且技术难度大。煤炭深加工投资强度高，以煤制油为例，万吨油品产能投资额为1.4-1.6亿元，是炼油项目的7-8倍，项目投资回收期长，受市场....
